两支军队合并后，统称“意大利自由军”，所有女兵仍然留在“雅典娜军团”中，男兵重新编入意大利自由军，雅典娜军团的主帅仍然是露克蕾莎，副帅巴尔托洛米娅；

意大利自由军分为多个军团，仍然以星座名命名，纳瓦尔将军率领其中3个军团，萨维利将军率领另外3个军团，其他几个军团都有各自的将军统率。

由米凯莱托组建的意大利自由军的情报部门原封不动，米凯莱托担任情报部门的顾问，每年不定期过来视察工作。

设立了“指导员”这个特殊职位，指导员专职负责思想工作，从低级神职人员中招聘；要求每个大队都有指导员，每个中队由一名副队长兼任指导员，随时注意士兵们的思想；

在军校里开设“哲学”专业，专门培养指导员。指导员不是作战人员，但必不可少，工作范围也很广泛，士兵们有什么问题都可以找指导员，减轻队长以上军官的工作。士兵们没钱结婚、家里父母亲人有病得不到治疗、家人受人欺负、在部队里受人欺负，都可以找指导员谈谈。

简化3年义务兵期满后转入志愿兵的手续，转为志愿兵会额外发放一笔签约金，用于士兵们安家。

创建家属随军制度，家属主要是妻子，但也包括父母、兄妹，军队会为家属安排工作，军营里需要大量劳动力，伙房、马厩、洗衣房、战场清扫等等，足够养活一大批家属。家属随军营工作的好处是，士兵们开始自觉维护家属的利益，大大减少性骚扰和猥亵等恶性案件。

继续执行全军上下不分官阶的违规处罚条例，最高死刑，最低刷马桶，鞭刑保留，行刑公开，以此威吓潜在犯罪分子。

另外计划在12月开展一次军事演习，演习地点定在弗利郊外，抽调四个军团参加演习，由巴尔托洛米娅和萨维利分别指挥。

定下来每年冬天进行军事演习，要让所有军团轮流进行军事演习，对于在军事演习中表现突出的部队将进行内部嘉奖，制定了战功嘉奖体系，最高级别特等功，最低三等功，一共四个级别；并且分为集体功和个人功，找艺术大师专门设计了不同的勋章，用铜合金铸造。

作为女大公的未婚夫，米迦勒·孔塔里尼提前被授予军团副指挥的职位，这是由于他从来没有作战经验。各个军团的指挥官全是从第一次罗马涅战争时期跟随波吉亚兄妹的高级军官，只有孔塔里尼是因为未婚妻才得到的职位。

当时弗朗索瓦还想，小姐应该任命帕尔马伯爵当他的下属，那样才有意思呢！